第三阶段ICS2实施，是指凡经海上、内陆水道、公路和铁路承运人也需要在货物运抵或途经欧盟前，必需提供一套完整的入境摘要申报（ENS）提供货物的数据。若提交文件并负责将货物带入欧盟海关领地的一方已掌握所有必要的数据，则仅需提交一份完整的ENS文件即可完成申报。当局也容许贸易商分次提交多份文件来完成申报，即由供应链上的不同参与者分次提交部分ENS文件。惟值得留意是，若分次提交多份文件，则每个申报人都有责任确保及时、准确和完整地提交相关的申报文件。
有关所运输货物的一系列强制性和更详细的信息需要以完整的入境摘要申报 (ENS) 的形式在 ICS2 系统中以电子方式提交。每件货物所需的信息包括：完整、准确的商业描述；HS 6 位商品编码；有关各方的其他详细信息
（例如，卖方、买方、最低提单级别收货人、发货人）；及欧盟境内收货人的欧盟经济体注册和识别号（EORI）编号。
欧盟成员国将基于申请，授权受影响的贸易商在有时间限制的部署窗口期内逐步连接至 ICS2。成员国可在以下时间范围内随时批准部署窗口期：2024 年 6 月 3 日至 2024 年 12 月 4 日（海上和内陆水道承运人）；2024 年 12 月 4 日至 2025 年 4 月 1 日（海上和内陆水道运输货代公司申报人）；2025 年 4 月 1 日至 2025 年 9 月 1 日（公路和铁路承运人）。如果贸易商没有及时做好准备，没有提供 ICS2 所要求的数据，货物将在欧盟边境被拦截，海关当局将不予清关。
欧盟海关当局表示，为免在运输过程出现延误和违规风险，贸易商宜提前为第三阶段做好准备，一旦遇上任何问题，受影响企业必需确保从客户处收集准确完整的数据、更新其IT系统和操作流程，并为员工提供充分的培训。
