第三階段ICS2實施，是指凡經海上、內陸水道、公路和鐵路承運人也需要在貨物運抵或途經歐盟前，必需提供一套完整的入境摘要申報（ENS）提供貨物的數據。若提交文件並負責將貨物帶入歐盟海關領地的一方已掌握所有必要的數據，則僅需提交一份完整的 ENS 文件即可完成申報。當局也容許貿易商分次提交多份文件來完成申報，即由供應鏈上的不同參與者分次提交部分ENS 文件。惟值得留意是，若分次提交多份文件，則每個申報人都有責任確保及時、準確和完整地提交相關的申報文件。
有關所運輸貨物的一系列強制性和更詳細的信息需要以完整的入境摘要申報 (ENS) 的形式在 ICS2 系統中以電子方式提交。每件貨物所需的信息包括：完整、準確的商業描述；HS 6 位商品編碼；有關各方的其他詳細信息（例如，賣方、買方、最低提單級別收貨人、發貨人）；及歐盟境內收貨人的歐盟經濟體註冊和識別號（EORI）編號。
歐盟成員國將基於申請，授權受影響的貿易商在有時間限制的部署窗口期內逐步連接至 ICS2。成員國可在以下時間範圍內隨時批准部署窗口期：2024 年 6 月 3 日至 2024 年 12 月 4 日（海上和內陸水道承運人）；2024 年 12 月 4 日至 2025 年 4 月 1 日（海上和內陸水道運輸貨代公司申報人）；2025 年 4 月 1 日至 2025 年 9 月 1 日（公路和鐵路承運人）。如果貿易商沒有及時做好準備，沒有提供 ICS2 所要求的數據，貨物將在歐盟邊境被攔截，海關當局將不予清關。
歐盟海關當局表示，為免在運輸過程出現延誤和違規風險，貿易商宜提前為第三階段做好準備，一旦遇上任何問題，受影響企業必需確保從客戶處收集準確完整的數據、更新其IT系統和操作流程，並為員工提供充分的培訓。
